微生物实验室主要应用于食品、药品、医疗、教学、科研等领域，主要对微生物的分离、培养、育种、鉴别、形态、变异、利用、危害等方面进行实验和研究。

微生物学实验室接触多种有害微生物，为了防止交叉污染，保护工作人员健康，实验室设计时应至少将微生物实验室划分成3个区域。

一、清洁区

　　包括办公室、休息室、培养基配制室与试剂储藏室。此区域禁止带人细菌检验标本。

二、操作区

（1）污染物处理：操作区须备有消毒缸，以处理沾有活菌的玻片等污染物品。

（2）水源：操作区内须设置水源。

　　（3）温度和湿度：配置空调进行控制。

　　（4）电源：要求提供稳压、恒频的电源；配备不间断电源。

　　（5）通风：由于各种病原菌集中，空气污浊，实验要求在保持排风的生物安全柜中进行。

　　（6）光线：细菌培养的细小菌落及血清试验凝集颗粒的观察， 都需要有充足的光线。操作区除设置常规照明灯外，还必须安装操作台灯，以保证实验结果的正确判断。

　　（7）整洁：微生物操作区是各种病原菌相对集中的地方，为了减少粉尘流动，防止交叉污染，操作区应与外界分开。

三、无菌区

　　（1）无菌室内应有空气过滤净化装置，并安装空调。

　　（2）无菌室仅用于培养基分装等无菌操作，不能进行有菌标本的操作。操作人员操作时应严格关门，并戴好专用的口罩、帽子。

　　（3）无菌室必须保持整洁。无菌室使用前须用紫外线消毒，操作结束后清洁台面，再用紫外线消毒。定期用乳酸或甲醛熏蒸，彻底消毒。

　　（4）无菌室应完全封闭，进出无菌室至少要经两道门，中间隔有缓冲间，无菌室与外间设置一个可开闭的窗口，用于传递器具。